Die ersten Bewohner des Genferseegebiets waren Jäger und Sammler und wurden ab 5500 v. Chr. als Bauern und Viehzüchter sesshaft. Aus dieser Zeit, der Jungsteinzeit, fand man an den Ufern des Genfer-, Neuenburger- und Murtensees unzählige fragile Objekte wie Keramiken, Korbwaren, Stoffe und Holzgegenstände. Durch einen Glasboden entdeckt der Besucher eine Ausgrabung und einen jungsteinzeitlichen Friedhof «in natura».

Der zweite Teil der Dauerausstellung lädt zu einer Zeitreise ein, zunächst mit einem Abstecher in die Zukunft, ins Jahr 3081. Von hier gelangt man in die nicht allzu ferne Jetztzeit, später ins Jahr 1803 zurück, in dem der Kanton Waadt die Unabhängigkeit von der Herrschaft der Berner (von 1536 bis 1798) erlangte. Noch weiter in der Vergangenheit erlebt der Besucher die Vormacht der Savoyer, die direkte Abhängigkeit vom Heiligen Römischen Reich Deutscher Nationen und die Regentschaft der Burgunderkönige (von 888 bis 1032), ein weniger bekanntes Kapitel der Geschichte.

Das Museum bietet für Schulklassen und während der Sommerferien auch Spezialführungen an.